Las áreas de trabajo son las secciones temáticas en las que se organiza la Federación Murciana de Asociaciones de Estudiantes, de las que se encarga la Junta Directiva y participan las asociaciones miembro en el marco de todas las acciones y actividades de FEMAE.
Área de Participación y Promoción Asociativa
Atiende el contacto más cercano con las asociaciones de estudiantes, desde su creación hasta su desarrollo y pleno funcionamiento. El objetivo de esta es el asesoramiento, la formación y la creación de una red regional de asociaciones de estudiantes. De igual modo, se encarga de la redacción y elaboración de notas de prensa, campañas publicitarias y gestión de las redes sociales de la organización.
Área de Incidencia Política
Elabora las propuestas de FEMAE sobre educación y juventud, así como las decisiones de la Federación en los órganos donde está presente. De este modo, lidera la incidencia política y las relaciones con otras entidades del ámbito educativo o juvenil, además de la relación con la Administración y los partidos políticos.
Área de Infancia
Se encarga de fijar los posicionamientos de la Federación sobre medio ambiente, cambio climático, sostenibilidad, etc. El objetivo principal del área es implantar en todos los ámbitos y actividades de la entidad la Agenda 2030 de los Objetivos de Desarrollo Sostenible.
Área de Diversidad e Inclusión
Comprende desde la prevención y actuación frente al acoso escolar hasta la inclusión de temas sociales transversales en la educación como la segregación social, la diversidad funcional, el feminismo o el movimiento LGTB+.